De naam Boedapest bestaat pas sinds 1873, maar het gebied zelf werd al door de Romeinen bewoond. Toen bestond Boedapest nog uit twee afzonderlijke delen die Aquincum, het huidige Boeda, en Contra-Aquincum, het huidige Pest,heetten. Die twee delen werden gescheiden door de Donau. Het land ontkwam niet aan de vernietigende veroveringstochten van de Hunnen en na hun inval verdween de oude Romeinse stad zo goed als volledig.
Pas in de 10de eeuw kwamen de Hongaren op het toneel. In Boeda, dat op een heuvel ligt, werd in 1247 een kasteel gebouwd, wat er mede voor zorgde dat dit deel van Boedapest later de hoofdstad van het koninkrijk Hongarije werd. Het land en vooral Boeda kende een bloeiend tijdperk onder het bewind van koning Matthias Corvinus. Deze welvaartsperiode kende echter een abrupt einde met de verovering door de Turken in de eerste helft van de 16de eeuw.
Zij verwoestten de stad, net als de Hunnen, nagenoeg volledig. Na anderhalve eeuw, in 1686 kwam de stad dan in Oostenrijkse handen terecht en nog een eeuw later viel Hongarije onder Habsburgs bewind. Ook bij de bevrijding van het Turkse juk werd Boedapest voor een derde keer zo goed als volledig vernietigd door een allesverwoestende brand.
Een jaar later vormde Hongarije samen met Oostenrijk het welbekende tweeluik Oostenrijk-Hongarije en deze situatie zou tot en met het einde van de Eerste Wereldoorlog onveranderd blijven. In die periode ondergaat ook Pest een sterk groeiproces.
Zoals eerder vermeld ontstond Boedapest als stadsnaam pas in 1873 omdat toen drie historische wijken Oboeda, Boeda (beide op de rechteroever van de Donau) en Pest (op de linkeroever) onder een magistratuur werden samengebracht.
Behalve deze eenheid op papier vertonen Boeda en Pest echter geen gelijkenissen. Boeda is het oude, historische deel van de stad en bestaat uit hoogtes en laagtes, warmwaterbronnen, veel groen en bovenal het Koninklijk Paleis. Pest wordt dan weer gekenmerkt door moderne gebouwen, rechte lanen, veel winkels en supermarkten en als dominant bouwwerk het Parlement.
De eerste helft van de 20ste eeuw betekende nieuwe stadsuitbreidingen voor Boedapest, maar ook duistere gebeurtenissen waaronder de deportatie van een groot deel van de joodse gemeenschap. Tijdens de Tweede Wereldoorlog kende Boedapest opnieuw een van de donkerste bladzijden uit haar geschiedenis.
Na de wintergevechten in 1945 was de stad nog maar eens met de grond gelijk gemaakt. Na de oorlog werd het land ‘bevrijd’ en opnieuw bezet door de Sovjets. Diezelfde Sovjets waren ook verantwoordelijk voor de Hongaarse Opstand tegen het stalinisme in 1956, die ze met bloedig geweld neersloegen.
Met de val van het Ijzeren Gordijn in 1989 werd in Boedapest de Republiek Hongarije opgericht. Sindsdien ondergaat de stad grondige veranderingen en hervormingen. De terugkeer van de markteconomie heeft ervoor gezorgd dat het stadsbeeld ingrijpend gemoderniseerd en verlevendigd is.