De eerste sporen van Bordeaux gaan terug tot in de 3de eeuw voor Christus toen een Keltische stam, de Bituriges Vivisci, er de nederzetting Burdigala stichtte. In de tweede helft van de 1e eeuw v.C. kwam de nederzetting in handen van de Romeinen. De daarop volgende eeuwen maakten onder andere de Vandalen, Visigoten, Franken en Noormannen zich van het gebied meester. Pas in de 12de eeuw zou een einde komen aan de opeenvolgende bezettingen. Dankzij het huwelijk tussen Aliénor d’Aquitaine en Henri II Plantagenet keerde de rust naar de stad terug. Gedurende drie eeuwen kwam Bordeaux onder Engels gezag te staan en in die periode tekenden ook de eerste ontwikkeling en uitbreiding zich af. Vanaf de 13de eeuw begon de stad wijn uit te voeren naar Engeland, waarmee de kiemen gezaaid waren voor de latere naam als wijnstad.
Door de eeuwen nam het gezag van de Engelsen steeds kleinere proporties aan en uiteindelijk, na de 100 Jarige Oorlog, viel Bordeaux in 1462 opnieuw in handen van het Fransen onder het gezag van koning Louis XIV. De wijnhandel kende opnieuw een sterke opgang en ook de uitvoer naar de Franse kolonies breidde uit. Wijn werd uitgevoerd en in ruil werden onder andere suiker en koffie ingevoerd. Vooral tijdens de 18de eeuw vierde de handel hoogtij. Van alle handelsschepen die goederen vanuit de West-Indische kolonies naar Frankrijk aanvoerden, was ongeveer de helft voor Bordeaux bestemd. Ook de handel met de Britse eilanden en Duitsland bloeide.
De welvaart uitte zich in de architectuur van de stad en tal van indrukwekkende gebouwen die vandaag nog te bezichtigen zijn, stammen uit die periode.
Een revolutie zorgde echter voor een economische terugval die pas halfweg de 19de eeuw zou herstellen dankzij de handel in olienoten. Het jaar 1863 betekende het begin van een donkere periode voor Bordeaux. De wijngaarden werden immers getroffen door druifluis, een parasiet die de wijnranken aantast en tot aan de eeuwwisseling een groot deel van de Europese wijnbouw vernietigde.
Pas aan het begin van de 20ste eeuw kende de stad een heropleving dankzij de opkomende wapenindustrie.
Tijdens de Eerste en Tweede Wereldoorlog werd Bordeaux tijdelijk de zetel van de Franse regering, die op de vlucht was voor een dreigende Duitse inval in Parijs.
Na WO II werd Jacques Chaban-Delmas, radicaal-socialist, burgemeester van de stad. Onder zijn politiek beleid werd Bordeaux sterk beïnvloed en uitgebreid, mede dankzij de creatie van het Stadsbestuur van Bordeaux in 1966. Dat maakte dat de stad tegen 1990 meer dan 210 000 inwoners telde en samen met de buitenwijken zelfs zo’n 700 000. Ook zorgde hij voor een ontwikkeling van de industrie, aangezien de handel in een neerwaartse spiraal was terecht gekomen. Pas in 1995 werd hij door Alain Juppé vervangen. Die zorgde voor een heropleving van de stad door een grondige herwaardering van bepaalde woonbuurten en de aanleg van een tramnetwerk.