De naam Kopenhagen komt van Købmandshavn, wat 'koopmanshaven' betekent. Vroeger was de stad een drukke havenstad. Nu is de haven en de bijbehorende industrie verdwenen. De stad is opgericht in de 11de-12de eeuw. Er bestaat twijfel over wie de stad heeft gesticht. De officieel aangenomen oprichtingsdatum is 1167. Toen zou Absalon, bisschop van Roskilde, de macht over de stad in handen gekregen hebben.
In het begin woonden er amper honderd mensen, die overleefden dankzij visserij, landbouw en een veerverbinding naar Sjaelland en Schonen. Het stadje lag op een strategische plaats om verder te ontwikkelen, maar had vaak te lijden onder plundertochten van de Wenden. Bisschop Absalon bouwde een burcht rond het stadje om het te verdedigen. Op die plek kwam later de Christansborg.
Rond 1444 werd Kopenhagen de hoofdstad van Denemarken. De haven was op dat moment in volle bloei. Heel veel mensen werkten er aan de bouw van galjoenen en handelden in haringen. In de 15de eeuw groeide Kopenhagen met zijn 10.000 inwoners uit tot de belangrijkste handelsstad in Noord-Europa. Op het einde van de 16de eeuw werd Christian V tot koning van Denemarken gekroond. Hij is verantwoordelijk voor Kopenhagens kanaalnetwerk en Christianshavn.
Tot de 19de eeuw gaat er niet veel fout. De stad leed onder enkele hevige branden, maar werd weer opgebouwd. De ontwikkeling ging in volle vaart voort. De 19de eeuw zag er minder rooskleurig uit. Denemarken voerde oorlog met Engeland. In 1807 werd Kopenhagen door de Engelsen in puin geschoten. Bovendien nam de vijand de hele Deense vloot mee. Niet veel later werd Denemarken bankroet verklaard. Noorwegen, tot dan toe een deel van Denemarken, werd afgestaan aan Zweden.
In de tweede helft van de 19de eeuw begon de urbanisatie in Kopenhagen, net als in de rest van Europa. Arbeiderswijken schoten als paddenstoelen uit de grond. De ontwikkeling van de stad kwam in een stroomversnelling.