Volgens een Griekse mythe werd Lissabon gesticht door Ulysses, nadat deze Troje had verlaten. Hij noemde de stad Olissipo. De waarheid is dat het de Feniciërs waren die sinds 1200 VC verbleven op de plaats die zij Alis Ubbo, of veilige haven noemden. Na de Punische Oorlogen tussen Rome en Carthago, werd Olissipo een deel van het Romeinse keizerrijk.
In de achtste eeuw werd de stad veroverd door de Moren. Onder hun bewind kende de stad een enorme bloei. Er werden huizen en moskeeën gebouwd, evenals een nieuwe omwalling rond het centrum. Islam werd de officiële godsdienst, maar toch bleef de bevolking een bonte mix van joden, moslims en christenen. Toen de Reconquista, de bevrijding van het Iberische schiereiland, Lissabon bereikte in 1147 werd een groot deel van de bevolking afgeslacht. Alfonso I van Portugal zegevierde, en Lissabon was weer in christelijke handen.
Dankzij zijn centrale ligging werd de stad in 1255 benoemd tot hoofdstad. Tijdens de laatste jaren van de Middeleeuwen was de haven een belangrijke handelspost voor zowel Noord Europa als de mediterrane landen, en trok zo veel nieuwe inwoners aan. In 1497 vertrok Vasco Da Gama vanuit Lissabon naar India, en gaf zo de aanzet tot de Portugese Gouden Eeuw. De handel met het verre oosten was op haar hoogtepunt, en de stad werd overspoeld met goud uit Brazilië.
Jammer genoeg was hun geluk van korte duur. In 1531 vond een zware aardbeving plaats, die duizenden slachtoffers maakte. Lissabon kreeg amper tijd om te herstellen. Het noodlot sloeg opnieuw toe op 1 november 1755. Een enorme schokgolf deed de aarde daveren en legde de hele stad in puin. De tsunami die daar op volgde vernietigde alles en iedereen op zijn weg. De vernietiging was compleet toen er brandt uitbrak, die drie dagen lang oncontroleerbaar was. Lissabon was compleet van de kaart geveegd. Maar er was één man die de moed niet liet zakken: Sebastião de Melo, de markies van Pombal. Hij wilde een benedenstad die toekomstige aardbevingen zou kunnen doorstaan en bedacht een ingenieus rastersysteem. Sneller dan verwacht kwam Lissabon de ramp te boven, en de stad stond sterker dan ooit!
In de eerste helft van de 19de eeuw werd Portugal veroverd door Napoleon, en koning John VI vlucht naar Brazilië. Tijdens zijn afwezigheid steken republikeinse ideeën de kop op, en wanneer de koninklijke familie terugkeert in 1821 is het al te laat. De rest van de eeuw wordt gekenmerkt door bloederige gevechten tussen monarchisten en republikeinen. Op 5 oktober 1910 werd de republiek uitgeroepen.