Rond de 6de eeuw voor Christus ontdekten matrozen van een Griekse kolonie de natuurlijke haven op het grondgebied waar Marseille nu ligt. Ze installeerden er zich en doopten de haven ‘le Lacydon’. Later veroverden de Romeinen het gebied en moesten de matrozen zich noodgedwongen bij hen aansluiten om zich tegen de Carthagers en de Kelten te beschermen.
Onder Julius Caesar kwam de stad echter in een neerwaartse spiraal terecht en werd uiteindelijk in 49 v.C. volledig vernietigd. Pas vanaf de 6de eeuw kende Marseille een wedergeboorte en ontwikkelde zich als snel tot belangrijkste handelscentrum dat internationale contacten met West-Europa en het Oosten onderhield. De daarop volgende eeuwen ontwikkelde de stad zich tot een voortvarende havenstad.
In 1214 werd Marseilletijdelijk onafhankelijk maar dit bleef slechts enkele decennia zo want in 1252 nam Charles van Anjou de stad in. In de daarop volgende eeuwen bleef Marseille een succesvolle handelsstad, mede dankzij de winsten die de stad haalde uit het bezit van een deel van Jeruzalem, waar de stad zelfs een eigen kerk had.
1423 was een tumultueus jaar voor Marseille. De stad werd geplunderd door de zeevloot van Aragon, maar dankzij de hulp van twee belangrijke handelslieden, de broers Forbin, en het koninklijk bezoek van Koning René, herstelde de stad vrij snel. In 1483 werd Marseille onder de Franse kroon gebracht, maar bleef wel deel uitmaken van de Provence. 1577 was het jaar waarin de eerste zeepfabriek van Marseille werd opgericht. Het begin van wat tot een van de belangrijkste kenmerken van de stad zou gaan behoren.
In 1660 begon Louis XIV met het neerhalen van de vestingsmuren van de stad en voor het eerst werd Marseille buiten zijn oorspronkelijke versterkte fort uitgebreid. 1720 werd een donker jaar in Marseilles geschiedenis, want de pest bereikte de havenstad en zou in totaal meer dan 100.000 levens eisen in heel de Provence.
Het zou tot ruim een halve eeuw duren voor het bevolkingsaantal terug gestabiliseerd was. Het belang van de haven en handel kreeg opnieuw een boost toen in de 19de eeuw het Suezkanaal in Egypte onder Frans bewind kwam te staan. Heel wat fabrieken, waaronder zeep-, olie- en chemische industrie, zagen het licht in en rondom Marseille. Ook de komst van een spoorwegnetwerk in 1843 droeg bij tot het succes van de stad.
Door de vele kolonies die Frankrijk had, onder andere in Afrika, konden heel wat producten naar daar geëxporteerd worden. Uit diezelfde kolonies emigreerden later, in de tweede helft van de 20ste eeuw, heel wat mensen naar de havenstad om er werk en een beter leven te zoeken.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog kreeg de stad het zwaar te verduren onder de bezetters die een groot deel van het oude stadscentrum vernietigden. Het verlies van Algerije als kolonie in 1962 en de sluiting van het Suezkanaal in 1967 brachten het succes van de stad een zware klap toe. De industrie ging achteruit, werkloosheid was het gevolg en Marseille moest zijn plaats als belangrijkste havenstad afstaan.
Vanaf de jaren ’80 kwam verandering in de situatie toen Marseille zich profileerde als tweede belangrijkste wetenschappelijke stad van Frankrijk. Aan het einde van de 20ste eeuw werd een groot project opgestart om zowel de stedelijke als economische situatie te verbeteren.